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果蝇基因中GAGA转录因子结合位点的识别与分析

摘要：由Trl编码的GAGA转录因子调控许多果蝇基因的表达。我们编辑了目前（120个网站位点）已出版的最大的样品核苷酸序列，已经用实验证实这些核苷酸序列绑定到GAGA蛋白质。通过样品分析证明尽管GAGA位点有明显的结构多样性，但是它们可以分为明显的四大类，即，（1）该位点包含两个GAG三核苷酸，它们相互之间不超过一个核苷酸替代，并且它们被长度1 - 3个核苷酸隔片(GAGnGAG 和 GAGnnnGAG)分离。（2）该位点包含一个单的GAGAG基序；（3）(GA) 3-9微卫星重复片段；（4）该位点与三个或者更多的GAG三核苷酸直接重复序列的同源物相一致，并且它的反响重复序列被不同长度的间隔期分离。利用SITECON软件包，可以精心地识别DNA序列中GAGnGAG（方法一）和GAGnnnGAG（方法二）类型的位点。实验性鉴定已经确认了GAGA因子之间的相互影响能力，用方法一检测的占预测位点的72%，用方法二检测的占预测位点的94.5%。通过上述转录因子分析潜在的GAGA结合位点在目标基因中的定位方法已用实验证实，这个应用表明用这些位点（涉及到果蝇基因组中平均发生频率的2到3个折叠）充实的5’端区域（5’ UTRs）和第一个内含子与中毒浓缩（不超过1.5个折叠）的启动区域(−4000/+200 bp或者−1000/+100 bp)相比较。 关键词:GAGA转录因子 结合位点 电脑预测 果蝇 一、引言

对于执行不同机制参与基因转录调控的生化和遗传分析，黑腹果蝇具有它独特的优势系统(Honkela et al., 2010)。转录过程是已知需要众多转录因子除了核心启动子识别因子。转录因子控制基因表达模式，这种表达模式被绑定到特殊的序列元素，转录因子结合位点，被定位与基因组的可调控区域(Fuda et al., 2009; Orphanides and Reinberg, 2002)。因此，识别转录因子在基因组中的结合位点，分析它们的组织结构，研究它们的涉及到目标基因的安排模式对分子机制的理解，并作为基因调控的基础是至关重要的。

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