数据分析相关软件

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基因组 De novo 测序

基因组 De novo 测序使用的组装软件按原理分，主要有两类，一类是基于overlap graph的 组装软件，有CABOG、 ARACHNE、 RePS、 phrap及newbler等； 另一类是基于de bruijn graph

的组装软件，有SOAPdenovo、 Velvet、 ALLPATHS、 ABySS等。



基于新一代测序的基因组 de novo 拼接软件已经有很多，其中主要可以分为两类：

（ 1 ）基于 overlap graph 的拼接软件，包括 Celera Assembler、 Arachne、 CAP、 PCAP 等 (2)基于 de bruijn graph 的拼接软件，包括 SOAPdenovo、 Velvet、 ALLPATHS、 ABySS 等。



基因组重测序

基因组重测序使用的比对软件，主要有 Maq、 Bowtie、 BWA、 SOAP2 等。



转录组测序分析

用于转录组分析的比对软件，主要有两类：一类是长片段比对软件，有 GMAP、 sim4、 BLAT、 BLAST 等；另一类是短片段比对软件，有 SOAP2、 map、 BWA、 Bowtie 等。

短序列比对软件



宏基因组测序分析

组装软件： CAP3、 TGICL ；基因预测软件： Glimmer ；功能注释软件： BLAST ；数 据库： KEGG, NCBI、 String、 COG


目标捕获测序分析

目标捕获测序分析使用的比对软件，主要有 Maq, Bowtie, BWA, SOAP2 等



ChIP-Seq 分析

ChIP-Seq 中用来搜索、扫描“Peak”区域的统计分析软件，有 PeakSeq、 FindPeaks 3.1 、 F-Seq、 SISSR、QuEST、 MACS、 Peak call、 ChIPDiff、 CisGenome、 ChIP-seq processing pipeline



DNA 甲基化测序分析

用来搜索 CpG 岛的软件有： CpG Analyzer、 CpGcluster、 CpGFinder、 CpG Island Explorer、 CpG Island Searcher 等

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